Unutrašnje organizacione jedinice Ministarstva su:

1. Direktorat za ekologiju
1.1. Direkcija za horizontalno zakonodavstvo
1.2. Direkcija za vazduh, vodu i zemljište
1.3. Direkcija za upravljanje otpadom i komunalne usluge
1.3.1. Odsjek za upravljanje otpadom
1.3.2. Odsjek za komunalne usluge
1.4. Direkcija za kontrolu zagađenja i upravljanje hemikalijama

2. Direktorat za prirodu
2.1. Direkcija za zaštićena područja
2.2. Direkcija za integralno upravljanje morskim i kopnenim ekosistemima
2.2.1. Odsjek za morske i priobalne ekosisteme
2.2.2. Odsjek za slatkovodne i kopnene ekosisteme

3. Direktorat za EU integracije, međunarodnu saradnju i klimatske promjene
3.1. Direkcija za EU integracije i međunarodnu saradnju
3.2. Direkcija za klimatske promjene

4. Direktorat za projekte i informacione sisteme
4.1. Direkcija za projekte
4.1.1. Odsjek za pripremu i sprovođenje projekata iz EU fondova
4.1.2. Odsjek za pripremu i sprovođenje projekata iz drugih fondova
4.2. Direkcija za informacione sisteme iz oblasti planiranja prostora i izgradnje objekata
4.3. Direkcija za nacionalnu infrastrukturu prostornih podataka 3

5. Direktorat za planiranje i uređenje prostora
5.1. Direkcija za strateski razvoj sistema planiranja i uređenja prostora
5.2. Direkcija za praćenje stanja u prostoru
5.3. Direkcija za planska dokumenta
5.4. Direkcija za izdavanje urbanističko-tehničkih uslova

6. Direktorat glavnog državnog arhitekte
6.1. Direkcija za kontrolu i unaprjeđenje kvaliteta idejnih arhitektonskih rješenja i urbanističkih projekata
6.2. Direkcija za razvoj i promociju arhitekture

7. Direktorat za građevinarstvo
7.1. Direkcija za razvoj građevinarstva
7.2. Direkcija za izdavanje dozvola
7.3. Direkcija za normativno-pravne poslove

8. Direktorat za razvoj stanovanja i legalizaciju
8.1. Direkcija za stanovanje
8.2. Direkcija za legalizaciju

9. Direktorat za inspekcijske poslove i licenciranje
9.1. Direkcija za urbanističko građevinski nadzor
9.1.1. Odsjek za centralnu regiju za opštinu Podgorica
9.1.2. Odsjek za centralnu regiju za opštine Cetinje, Danilovgrad, Tuzi i Kolašin
9.1.3. Odsjek za centralnu regiju za opštine Nikšić i Plužine
9.1.4. Odsjek za južnu regiju za opštine Bar i Ulcinj
9.1.5. Odsjek za južnu regiju za opštine Budva i Tivat
9.1.6. Odsjek za južnu regiju za opštine Herceg Novi i Kotor
9.1.7. Odsjek za sjevernu regiju za opštine Bijelo Polje i Mojkovac
9.1.8. Odsjek za sjevernu regiju za opštine Pljevlja, Žabljak i Šavnik
9.1.9. Odsjek za sjevernu regiju za opštine Berane, Andrijevica, Plav, Gusinje, Petnjica i Rožaje
9.2. Direkcija za koordinaciju u postupku inspekcijskog nadzora
9.3. Direkcija za licence, registar i drugostepeni postupak

10.Kabinet ministra
10.1.Biro za odnose sa javnošću

11. Odjeljenje za održivi razvoj

12. Odjeljenje za unutrašnju reviziju

13. Služba za pravne, opšte, administrativne poslove i javne nabavke
13.1. Kancelarija za pravne, opšte poslove i javne nabavke
13.2. Pisarnica

14. Služba za upravljanje ljudskim resursima

15. Služba za ekonomsko- finansijske poslove

16. Služba za tehničku podršku